영농조합법인의 조합원이 받는 의제배당소득에 대한 조세특례적용 여부 및 과세방법

영농조합법인의 출자자인 조합원이 해산으로 인하여 받는 의제배당소득은「조세특례제한법」제66조의 과세특례를 적용함

[회신] 귀 질의 1)의 경우, 아래 우리청의 기존 해석사례(원천세과-116, 2009.01.09.)를 참조하시기 바랍니다. ○ 원천세과-116, 2009.01.09. 귀 질의의 경우 영농조합법인의 출자자인 조합원이 해산으로 인하여 받는 의제배당소득은「조세특례제한법」제66조의 과세특례를 적용합니다. 귀 질의 2)의 경우,「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인이 조합원에게 지급하는 배당소득 중 「조세특례제한법」제66조 제2항에 따라 소득세가 면제되는 금액을 제외한 배당소득으로서 2018년 12월 31일까지 받는 소득에 대한 소득세의 원천징수세율은 「소득세법」 제129조에도 불구하고 100분의 5로 하고, 그 배당소득은 「소득세법」 제14조 제2항에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니하는 것입니다. 1. 사실관계 ○ 질의 법인은 농산물 가공업 등을 하다가 2017. 6. 30.경 폐업한 영농조합법인임 2. 질의내용 ① 영농조합법인의 해산시 조합원이 받는 의제배당이 조세특례제한법 제66조 에 따른 소득세 과세특례적용 대상이 되는지 ② 영농조합법인의 해산시에 조합원이 받는 의제배당이 조세특례제한법 제66조 에 따른 소득세 과세특례적용 대상이 되는 경우에 소득세가 면제되는 금액을 제 외한 소득에 대한 과세방법은 어떻게 되는지 3. 관련법령 및 해석사례 등 ○ 조세특례제한법 제2조 【정의】 ② 제1항에 규정된 용어 외의 용어에 관하여는 이 법에서 특별히 정하는 경우를 제외하고는 제3조제1항제1호부터 제19호까지에 규정된 법률에서 사용하는 용어의 예에 따른다. ○ 조세특례제한법 제3조 【조세특례의 제한】 ① 이 법, 「국세기본법」 및 조약과 다음 각 호의 법률에 따르지 아니하고는 조세특례를 정할 수 없다. 1. 「소득세법」 ○ 조세특례제한법 제66조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】 ①「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인(이하 "영농조합법인"이라 한다)에 대해서는 2018년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 곡물 및 기타 식량작물재배업에서 발생하는 소득(이하 "식량작물재배업소득"이라 한다) 전액과 식량작물재배업소득 외의 소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대하여 법인세를 면제한다. ② 영농조합법인의 조합원이 영농조합법인으로부터 2018년 12월 31일까지 받는 배당소득 중 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득 전액과 식량작물재배업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득 중 대통령령으로 정하는 범위의 금액에 대해서는 소득세를 면제한다. 이 경우 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득과 식량작물재배업소득 외의 소득에서 발생한 배당소득의 계산은 대통령령으로 정하는 바에 따른다. ③ 영농조합법인이 조합원에게 지급하는 배당소득 중 제2항에 따라 소득세가 면제되는 금액을 제외한 배당소득으로서 2018년 12월 31일까지 받는 소득에 대한 소득세의 원천징수세율은 「소득세법」 제129조 에도 불구하고 100분의 5로 하고, 그 배당소득은 「소득세법」 제14조제2항 에 따른 종합소득과세표준에 합산하지 아니한다. ○ 조세특례제한법 시행령 제63조 【영농조합법인 등에 대한 법인세의 면제 등】 ① 법 제66조제1항에서 "대통령령으로 정하는 범위의 금액"이란 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률 시행령」 제11조제1항 에 따른 영농조합법인의 사업에서 발생한 소득으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 소득금액을 말한다. 1. 곡물 및 기타 식량작물재배업(이하 이 조 및 제65조에서 "식량작물재배업"이라 한다) 외의 작물재배업에서 발생하는 소득금액으로서 각 사업연도별로 다음의 계산식에 따라 계산한 금액 이하의 금액 | 식 량작물재배업 외의 작물재배업에서 발생하는 소득금액 × {6억원 ×조합원 수 × (사업연도월수 ÷ 12) ÷ 식량작물재배업 외의 작물재배업에서 발생하는 수입금액} | 2. 작물재배업에서 발생하는 소득을 제외한 소득금액으로서 각 사업연도별로 다음의 계산식에 따라 계산한 금액 이하의 금액 | {1천200만원 ×조합원 수 × (사업연도월수 ÷ 12)} | ② 법 제66조제2항 전단에서 "대통령령으로 정하는 범위의 금액"이란 제1항제1호에 따라 법인세가 면제되는 소득에서 발생한 배당소득의 경우에는 그 배당소득 전액을 말하고, 영농조합법인의 전체 소득에서 식량작물재배업에서 발생하는 소득과 제1항제1호에 따라 법인세가 면제되는 소득을 제외한 소득에서 발생한 배당소득의 경우에는 그 배당소득 중 과세연도별로 1천 200만원 이하의 금액을 말한다. ③ 법 제66조제2항 후단에 따른 배당소득은 각 배당 시마다 다음 각 호의 구분에 따른 계산식에 따라 계산한 금액으로 한다. 이 경우 각 소득금액은 배당확정일이 속하는 사업연도의 직전 사업연도에 해당하는 분으로 하며, 각 소득금액이 음수(陰數)인 경우에는 영으로 본다. 1. 식량작물재배업소득에서 발생한 배당소득 : | {영농조합법인으로부터 지급받은 배당소득 × (식량작물재배업에서 발생하는 소득금액 ÷ 총 소득금액)} | 2. 제1항 제1호에 따라 법인세가 면제되는 소득에서 발생한 배당소득 : | {영농조합법인으로부터 지급받은 배당소득 × (제1항 제1호에 따라 법인세가 면제되는 소득금액 ÷ 총 소득금액)} | 3. 전체소득에서 식량작물재배업소득과 제1항 제1호에 따라 법인세가 면제되는 소득을 제외한 소득에서 발생한 배당소득 : | [영농조합법인으로부터 지급받은 배당소득 × {1 - 식량작물재배업에서 발생하는 소득금액 + 제1항 제1호에 따라 법인세가 면제되는 소득금액) ÷ 총 소득금액}] | ○ 소득세법 제17조 【배당소득】 ① 배당소득은 해당 과세기간에 발생한 다음 각 호의 소득으로 한다. 3. 의제배당(擬制配當) ② 제1항제3호에 따른 의제배당이란 다음 각 호의 금액을 말하며, 이를 해당 주주, 사원, 그 밖의 출자자에게 배당한 것으로 본다. 3. 해산한 법인(법인으로 보는 단체를 포함한다)의 주주·사원·출자자 또는 구성원이 그 법인의 해산으로 인한 잔여재산의 분배로 취득하는 금전이나 그 밖의 재산의 가액이 해당 주식·출자 또는 자본을 취득하기 위하여 사용된 금액을 초과하는 금액. 다만, 내국법인이 조직변경하는 경우로서 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우는 제외한다. 가.「상법」에 따라 조직변경하는 경우 나. 특별법에 따라 설립된 법인이 해당 특별법의 개정 또는 폐지에 따라 「상법」에 따른 회사로 조직변경하는 경우 다. 그 밖의 법률에 따라 내국법인이 조직변경하는 경우로서 대통령령으로 정하는 경우 ○ 원천세과-116, 2009. 01. 09. 영농조합법인의 출자자인 조합원이 해산으로 인하여 받는 의제배당소득은 조세특례제한법 제66조 의 과세특례를 적용합니다. ○ 원천세과-135, 2010. 02. 10. 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」에 따른 영농조합법인의 조합원이 해당 영농조합법인으로부터 지급받는 배당소득 중 농업소득외의 소득에서 발생한 배당소득은 과세연도별로 1,200만원 이하의 금액은 소득세가 면제되는 것이나 나머지 배당소득에 대하여는 원천징수세율 5%로 소득세를 부과하는 것입니다.